Генетические следы вирусов, заражавших организмы предков человека миллионы лет назад, могут помочь иммунной системе современных людей идентифицировать и уничтожать раковые клетки, считают исследователи биомедицинского Института имени Фрэнсиса Крика. Работа ученых опубликована в журнале Genome Research.

Геном человека примерно на восемь процентов состоит из ДНК эндогенных ретровирусов. Эти последовательности, оставшиеся после заражения, обычно находятся в состоянии покоя, не функционируют либо подавляются организмом. Впрочем, эти механизмы подавления могут не сработать, когда клетка становится раковой. Тогда "древняя" вирусная ДНК может активироваться снова.

"Мы искали вирусную ДНК, которая активируется раком и становится видимой для иммунной системы. Тогда иммунитет можно будет "натренировать" избирательно поражать раковые клетки", — приводит портал Medical Xpress слова лидера группы британских генетиков, доктора Джорджа Кассиотиса.

В генах содержатся "инструкции" для производства белков, которые важны для функционирования клетки или всего тела. До появления белка эта информация "переводится" в молекулах РНК. На сам процесс "перевода" могут влиять сторонние для гена факторы. Среди них могут быть и ДНК эндогенных ретровирусов.

Чтобы оценить их влияние, ученые проанализировали образцы 31 типа рака с помощью технологии RNASeq, которая позволяет "читать" короткие, случайные фрагменты РНК. Каждое такое "прочтение" в результате дает маленькую часть общей последовательности, а для того, чтобы получить подробную картину "перевода", потребовалось бы совершить более 50 миллионов попыток. Генетики сравнили это с чтением журнального текста, разорванного на миллионы кусочков. При этом о чем он или на каком языке написан, ученым неизвестно.

Соединить эти разбросанные в случайном порядке фрагменты РНК — почти 40 миллиардов частей из 769 образцов — удалось с помощью специалистов из компьютерного кластера института. В результате получился каталог из 130 тысяч "транскрипций", произведенных эндогенными ретровирусами. Из них более половины не были известны ранее, а шесть тысяч найдены в раковых клетках и нездоровой ткани.

В итоге ученым удалось обнаружить 14 типичных для меланомы "транскрипций" из восьми различных участков генома, который способен производить опухолевые антигены. После масс-спектрального анализа их количество сократилось до девяти уникальных пептидов, видимых для иммунной системы. Если с их помощью "научить" иммунитет распознавать и атаковать раковые клетки, возможно появление новой терапии для онкобольных, отмечают специалисты.

Источник: РИА НОВОСТИ