Эксперты компаний Intellia Therapeutics и Editas Medicine, разрабатывающие технологию редактирования генома CRISPR/Cas9, подвергли резкой критике недавнюю публикацию в журнале Nature Methods, в которой говорится о многочисленных нецелевых мутациях при использовании этой технологии. Свои доводы они приводят в двух независимых заявлениях (первое и второе).
Структура нуклеазы Cas9 в комплексе с гидовой РНК (красная) и целевой ДНК (желтая)
Авторы оригинальной публикации провели секвенирование полного генома двух мышей, которым они ранее на стадии зиготы с помощью CRISPR/Cas9 исправили генетический дефект, приводящий к слепоте. Полученные результаты они сопоставили с данными полногеномного анализа контрольного животного, которому редактирование генома не проводили. По итогам исследования ученые пришли к выводу, что применение технологии привело к возникновению множества нецелевых мутаций: 1397 однонуклеотидных замен и 117 инсерций и делеций, что существенно превышает предыдущие оценки побочных эффектов CRISPR/Cas9.
Эта публикация и посвященный ей пресс-релиз Колумбийского университета в Нью-Йорке вызвали немалый ажиотаж СМИ, что привело к падению цен на акции компаний, занимающихся разработками в области редактирования генома, в том числе Intellia и Editas.
В ответных заявлениях эксперты компаний обращают внимание на многочисленные недостатки в дизайне проведенного исследования. В частности, они указывают, что его авторы не проводили секвенирование генома родителей животных, у которых применяли CRISPR/Cas9, а именно это позволило бы с достаточной точностью оценить вклад технологии в обнаруженные генетические отличия. Также критики отмечают, что предыдущие аналогичные исследования с применением полногеномного анализа не обнаружили подобного числа побочных эффектов технологии, а генетические отличия экспериментальных животных от контрольного укладываются в диапазон естественных различий между мышами одной линии. Более того, некоторые из зарегистрированных мутаций выходят за рамки возможностей CRISPR/Cas9. Таким образом, полученные результаты не позволяют говорить о четкой связи обнаруженных мутаций с применением технологии. Среди недостатков публикации указаны также ошибки в идентификации генов и недостаточное для получения статистически достоверных результатов число подопытных животных.
Как пишет MIT Technology Review, аналогичные претензии к работе предъявляли и многие другие ученые.
«По нашему мнению, выводы исследования не обоснованы результатами проведенных экспериментов», — говорится в заявлении Editas. Один из его авторов, сооснователь компании и гарвардский профессор Джордж Черч заявил, что публикацию, возможно, стоит отозвать, или, как минимум, дополнить комментарием об основных неучтенных проблемах.
Исполнительный директор Intellia Нессан Бермингем занял более жесткую позицию: «Эта публикация привлекла пристальное внимание прессы и публики, что привело к существенному ущербу. Учитывая вопросы к дизайну [исследования] и интерпретации [результатов], думаю, что редколлегии Nature Methods надлежит отозвать статью».
Представитель Springer Nature — издателя журнала — заявил, что редакция уже получила ряд писем, касающихся публикации, и в настоящее время проводит собственное разбирательство, привлекая к обсуждению ее авторов.
Тщательное изучение потенциальных побочных эффектов от применения CRISPR/Cas9 приобретает все большее значение, учитывая то, что ее клинические испытания уже проводятся в Китае и запланированы на 2018 год в США.
Источник: N+1
