У всех живых организмов ДНК требует постоянного ремонта, и для этой цели в клетках есть несколько главных ремонтных систем, помогающих поддерживать геном в целости и сохранности.
Как мы все хорошо знаем, наша наследственная информация – да и не только наша, а вообще любого живого организма на Земле – хранится в молекулах ДНК. Чтобы эта информация «заработала», её нужно превратить в белок, для чего сначала с какого-то гена, который представляет собой участок ДНК, снимается РНК-копия (происходит транскрипция), а потом на РНК синтезируется молекула белка (трансляция). По сути, в ДНК записаны схемы сборки белковых молекул и дополнительные регуляторные «параграфы», с помощью которых можно очень точно регулировать количество того или иного белка. Кроме того, генетическую информацию нужно также передавать в следующие поколения. Здесь существует специальный молекулярный процесс, репликация, то есть удвоение молекулы ДНК, чтобы одна копия генома смогла перейти дочерней клетке.
Как легко догадаться, сохранность генов стала первейшей задачей, которую пришлось решать живым организмам уже на самых начальных этапах эволюции. Действительно, представим, что в ген прокралась ошибка: в таком случае появляется вероятность, что белок, синтезированный в соответствии с изменённой инструкцией, будет работать не так, как надо, и что испорченный вариант гена перейдёт в следующие поколения. Чтобы этого не происходило, существуют специальные молекулярные машины, выполняющие репарацию ДНК, и именно за описание разных механизмов репарации и была присуждена очередная Нобелевская премия по химии.
Чтобы понять, какие повреждения возможны в ДНК и как их следует исправлять, нужно хотя бы бегло вспомнить химическое строение нуклеиновых кислот. И ДНК, и РНК состоят из множества мономеров-нуклеотидов; нуклеотид же, в свою очередь, состоит из трёх частей: остатка фосфорной кислоты, углевода и азотистого основания. Углевод (рибоза или дезоксирибоза) и фосфорная кислота складываются в сахарофосфатный остов, утыканный азотистыми основаниями, которые как раз выполняют функцию букв генетического кода: А – аденин, Т – тимин (в РНК вместо тимина – U, урацил), G – гуанин, С – цитозин. ДНК сложена из двух цепей, объединённых в спираль, и основания на одной цепочке взаимодействуют с другой: аденин – с тимином, гуанин – с цитозином. Это называется правилом комплементарности, благодаря которому клетка может на одной цепи ДНК сделать новую – просто подбирая соответствующие комплементарные нуклеотиды.
Узор оснований в ДНК позволяет зашифровать строение любого белка (подробно организацию генетического кода мы сейчас обсуждать не будем). Так что в интересах «генетической безопасности» буквы ни в коем случае не должны меняться, исчезать, и т. д. А между тем именно так и происходит: в геноме какие-то нуклеотиды постоянно вылетают со своего места, или же меняются на другие, или же в ряду нуклеотидов появляется кто-то лишний. Такие события называются мутациями, и случаются они не только под влиянием внешних факторов, например, радиоактивного или ультрафиолетового излучения. В самой клетке в ходе метаболизма появляются агрессивные молекулы, способные внести мутацию в ДНК. Наконец, реплицирующие машины, удваивающие генетический материал, синтезируют новые цепи всё-таки не со стопроцентной точностью. Замена или выпадение нуклеотида не обязательно приводят к серьезным последствиям, но многие мутации могут запустить рак, или стать причиной какого-нибудь психоневрологического заболевания, или же вывести из строя обмен веществ, и т. д.
Томас Линдаль
Задача систем репарации – искать такие ошибки и своевременно их исправлять. Томас Линдаль, один из нынешних лауреатов, в 1974 году опубликовал статью, в которой описывал бактериальный фермент, позволяющий восстановить повреждённый цитозин в ДНК. Цитозин (С) склонен терять одну химическую группу, превращаясь в урацил (U), так что в результате предпочтительным напарником в соседней цепочке ДНК для него становится не гуанин (G), а аденин (А). И специальный белок у бактерий занимается тем, что вырезает из ДНК поломанный цитозин, ликвидируя мутацию.
Несколько десятков лет Линдаль занимался тем, что уточнял молекулярный механизм, который был назван эксцизионной (то есть выщепляющей) репарацией оснований. Он есть не только у бактерий, но и у других организмов, вплоть до человека; ключевыми же белками здесь являются ферменты-гликозилазы. Вышеприведённый пример с цитозином – лишь один из возможных, дефектными могут становиться и другие «буквы»-основания. Ремонт же начинается с того, что ДНК-гликозилаза отщепляет повреждённую «букву». Затем подключаются другие белки, удаляющие из цепи ДНК сахар и фосфорную кислоту, которые держали на себе модифицированное основание. В результате в ДНК-цепочке получается дыра, которую заделывают новые белки: они вставляют в освободившееся место ту «букву», которая тут должна быть.
Но такое точечное вырезание оснований – лишь один из механизмов ремонта ДНК. Ещё в конце 40-х годов прошлого века биологи описали любопытный феномен: бактерии, облучённые ультрафиолетом (или жёстким ионизирующим излучением), переставали расти и гибли, но возвращались к росту, если их освещали обычным светом. Было установлено, что ультрафиолет плохо действует на ДНК, сшивая вместе некоторые пары оснований, сидящие рядом на одной цепи, – такие димеры сильно затрудняли репликацию ДНК. Сам собой напрашивался вывод, что существует какой-то фотоактивируемый белок, который устраняет подобные нуклеотидные аномалии. Азиз Санкар, биохимик из Турции, начал свою научную карьеру в США с того, что успешно определил этот белок (его назвали ДНК-фотолиазой). Однако его результаты в то время мало кого впечатлили. (Впоследствии оказалось, что фотолиаза выполняет едва ли не самую простую ДНК-репарацию: она с помощью энергии света просто разделяет соединённые нуклеотиды. Такой способ ремонта ДНК есть у бактерий, архей, дрожжей, насекомых, но у человека, как и у многих высших эукариот, ничего такого нет.)
Азиз Санкар
Скоро стало ясно, что у бактерий, кроме световой репарации (или фотореактивации), есть ещё и «темновая», которая идёт сама по себе, безо всякого светового стимулирования. В составе исследовательской группы, которая пыталась расшифровать механизм такой репарации, Санкару в течение несколько лет поставил ряд экспериментов, в ходе которых удалось определить ферменты, отвечающие за ремонт ДНК при повреждении ультрафиолетом, и понять механизм их работы. В данном случае из цепи ДНК вырезается не один-единственный повреждённый нуклеотид, а целый кусок, фрагмент из нескольких «букв» (у бактерий – 12-13, у человека – 27-29), содержащий повреждённый участок. Ферменты, которые это делают, называются эксцизионные нуклеазы. Затем наступает очередь другого белка, который делает «заплатку» на то место, откуда вырезали кусочек генетического текста; правильным шаблоном служит другая цепь ДНК (не забываем про принцип комплементарности!). Наконец, последний этап – готовая заплатка с обоих концов с помощью новых ферментов пришивается на «продырявленное» место.
Такую репарацию назвали эксцизионной репарацией оснований, и поначалу её изучали на бактериях. Что до человека, то у нас всё происходит сложнее, и белков участвует больше, но сам принцип работы у всех организмов тут одинаков: с запасом вырезать повреждённый кусок и сделать его заново. Получается, что с учётом фотолиазы на счету Санкара целых два репарирующих механизма. Необходимо отметить, что, в отличие от «механизма Линдаля» (эксцизионной репарации оснований), которая ремонтирует лишь некоторые разновидности повреждений ДНК, «механизм Санкара» удаляет все возможные повреждения, хотя и с разной эффективностью, и его роль в поддержании стабильности генома весьма и весьма велика.
Наконец, с именем третьего нобелеата, Пола Модрича, связано открытие ещё одного механизма ремонта ДНК. Он начинал с исследований ферментов ДНК-метилтрансфераз (или ДНК-метилаз) у бактерий. Их функция состоит в том, чтобы метильными группами метить основания в бактериальной ДНК – если потом в клетку проникнет вирус, то его ДНК будет уничтожена как не имеющая защитных метильных меток. Однако в связи с метилазами обнаружился ещё один странный молекулярный феномен: когда в бактериальную клетку запускали специально сконструированный вирус, в ДНК которого некоторые основания были некомплементарны друг другу, то такие неправильные пары исправлялись как раз с помощью метилазы. Тогда же было выдвинуто предположение, что это нужно при ошибках копирования: хотя, как мы упоминали выше, репликационные машины, удваивающие ДНК, работают очень точно, ошибки у них всё же случаются, и бывает, что напротив генетической «буквы» в одной цепи встаёт совсем некомплементарная ей «буква» в новой цепи. Для устранения таких погрешностей как раз и существует отдельная система, которая называется репарацией ошибочно спаренных нуклеотидов, или мисматч (mismatch)-репарацией, если использовать кальку с английского термина. Метилирование же нужно для того, чтобы обозначать правильную, старую цепь ДНК – ошибка будет исправлена в соответствии с её нуклеотидной последовательностью.
Пол Модрич
К концу 80-х годов прошлого века Полу Модричу удалось определить все ферменты, участвующие в мисматч-репарации, и даже продемонстрировать их работу в искусственной системе. Вкратце её этапы таковы: специальный белок находит неправильно спаренные нуклеотиды, после чего к нему присоединяется его «коллега», который определяет, на какой цепи находится метильная группа. Затем в дело включаются ферменты, вырезающие из новой (то есть лишённой метильной метки) цепи ДНК фрагмент с неправильной «буквой», после чего ДНК здесь синтезируется заново. Как и в предыдущих случаях, исследователи подтвердили, что такой же механизм работает не только у бактерий, но и у других организмов, вплоть до человека.
Среди систем репарации ДНК есть ещё некоторые разновидности и модификации, не исключено, что в будущем к ним добавятся и другие. Однако три вышеописанных механизма можно назвать основными, присутствующими у большинства живых организмов. Когда речь идёт об исследованиях таких фундаментальных процессов, то известия о Нобелевской премии воспринимаются с некоторым удивлением – кажется, что за это уже давно всё всем дали. Заметим, впрочем, что сама по себе мысль, что у клеток должен быть механизм ремонта ДНК, относительно проста (хотя, по словам Томаса Линдаля, некоторое время назад все были убеждены в исключительной стабильности клеточной ДНК, для которой ремонт-то почти и не нужен). Совсем другое дело – расшифровка механизмов молекулярных процессов, детализация, определение этапов и проч.; собственно, именно на расшифровку механизмов, на подтверждение первоначальной догадки во всех трёх случаях ушли годы исследовательской работы, а потом должны были пройти ещё годы для того, чтобы стало окончательно ясно, что всё именно так, как мы выяснили. И потому в формулировке Нобелевского комитета говорится именно о «механизмах репарации ДНК».
Что же до «народнохозяйственной пользы», то здесь всё просто: ДНК в наших клетках ломается постоянно, и, если её вовремя не ремонтировать, наш геном погрузится в хаос, со всеми вытекающими последствиями. Об этом вполне наглядно говорит статистика: считается, что от 80 % до 90 % всех раковых заболеваний связаны с неправильной работой ДНК-репарирующих систем.
Источник: НАУКА И ЖИЗНЬ
